La bandera representa los valores y principios de la institución tiene un significado simbólico especial.
El azul y el blanco, son una manifestación visual de los principios que inspiran a esta institución en su labor educativa. Estos colores no solo adornan su emblema, sino que también encarnan los pilares sobre los que se construye el ambiente de aprendizaje y crecimiento personal dentro de la comunidad escolar.
La Bandera se representa con una forma rectangular, compuesta por dos franjas horizontales de la misma magnitud, una de color azul asociada a la inteligencia y al poder, simboliza la lealtad, la verdad y la justicia, otra de color azul marino que representa la profundidad del estudio y el conocimiento. En la parte superior e inferior encontramos una franja de color blanco, asociada con la confianza, la intuición, la fortaleza, organización, simboliza la pureza, la paz y la armonía.
En el centro de la bandera podemos observar diez estrellas de color blanco formando un círculo cerrado que representan a las Instituciones que se fusionaron en la “Alfredo Pérez Guerrero” como Leopoldo Nicolás Chávez, María Angélica Idrobo, Andrés Bello, Gerardo Guevara, Julián Juez, Luis Wandemberg, Ángel Vaca entre otras y en la parte central del círculo una estrella grande que simboliza la Nueva Unidad Educativa.